El protocolo pretende impulsar las medidas de cooperación en la lucha contra las organizaciones terroristas ETA y Al Qaeda. A este respecto, el secretario de Estado para la Seguridad, Pedro Morenés, ha venido manteniendo encuentros con el director de Seguridad Interior de EE UU, Tom Ridge, y el embajador para Antiterrorismo de Estado norteamericano, Francis X. Taylor. A este respecto, el Cesid mantiene conversaciones con la National Security Agency (NSA)
Además, publicaban lo siguiente:
Ante el riesgo de posibles amenazas, teóricamente, el Servicio de Investigación Criminal Naval de EE UU y la Oficina de Investigación Especial de la Fuerza Aérea no se limitarán a investigar a los militares estadounidenses, como hacían hasta ahora, sino también a ciudadanos españoles o de terceros países, siempre que se sospeche que sus actividades pueden afectar a personal o bienes norteamericanos.
Los agentes de los servicios militares de investigación criminal estadounidense podrán, además de residir en España, recabar información de las fuerzas policiales españolas o participar en operaciones, siempre que lo hagan bajo responsabilidad y "en conjunción con sus homólogos de los Cuerpos de Seguridad del Estado y los servicios de Inteligencia españoles".